Сформирована в августе 1994 года.
Расформирована в ноябре 1996 года.
1994 год:
??.08.94 - в бухте Павловского 4-я флотилия ПЛ ТОФ была переформирована в 3-ю эскадру ПЛ ТОФ;
1995 год:
3-я эскадра ПЛ ТОФ
1996 год:
3-я эскадра ПЛ ТОФ
??.11.96 - 3-я эскадра была расформирована, а её подводные лодки были переданы в 26-ю дивизию ПЛ ТОФ.