22 июня 1941 года, в первый день Великой Отечественной войны, все органы и средства ЭПРОН были включены в состав Военно-морского флота СССР.
22 августа 1941 года приказом НК ВМФ СССР № 0799 вводится в действие «Положение об аварийно-спасательной службе ВМФ». Данным Положением на ЭПРОН возлагалось осуществление аварийно-спасательной службы в ВМФ СССР.
2 июня 1942 года приказом НК ВМФ СССР № 0469 ЭПРОН преобразован в Аварийно-спасательную и судоподъёмную службу ВМФ СССР.